玛瑙收藏的门槛虽不高，但眼光一定要独到。目前市面上最具身价的红玛瑙当数南红玛瑙，产自云南和海南等地，白色玛瑙最上好的种类是荔枝冻，而更稀少昂贵的当数水胆玛瑙，水胆玛瑙中具有封闭的空洞，内含水溶液，摇晃时有汩汩的水声，并可以看到玛瑙中水流动的样子，具有极好的投资和收藏价值。
关于玛瑙的鉴别则同其他种类的藏品一样学问多多，对于初涉者，建议可以从以下几个方面着手：一是看同心层纹。天然玛瑙的横断面都有同心层纹结构，利用这个标志，整块玛瑙较为容易识别，但是经切割后的制成品，由于没有整齐明显的图案，则容易认错；二是看硬度，不管是否经过切割的玛瑙，其硬度都较高，摩氏硬度在7级左右，也就是说，若用钢刀在玛瑙表面刻画，是刻画不出痕迹的，但用玛瑙在玻璃上刻画，玻璃上会有划痕；三是看摩擦。玛瑙手感凉，用玛瑙在硬杂木板上急骤摩擦十几下，玛瑙不热，木板却发烫；有些不法商贩在假冒玛瑙的表面粘上一层薄薄的有机物，给人有蜡状光泽和手感的错觉，鉴别时要特别注意。